娃娃鱼人工繁殖率低的原因有雌雄性腺发育不同步、雄性精子活力差、人工难以选择出性成熟亲体和雌性亲体产下的大量卵没有受精能力与胚胎发育至尾期易大量死亡，其原因又在于水中缺乏元素和藻相的不足。
归结起来，就是养殖过程中水源出了问题。所以，只有从养殖水源着手，也就是用生态生物学的生物解原技术，将娃娃鱼养殖水源改为下养源水，这样才能使娃娃鱼养殖的水源中不缺乏元素，也有足够的藻相，从而保证娃娃鱼精卵发育达到真正的生理和形态上的成熟，提高卵的受精率，也能使胚胎发育至尾期死亡率显著降低，最终提高了娃娃鱼人工繁殖率。
在娃娃鱼亲体培育期间，着重的是娃娃鱼与生物链、水中元素、藻相、pH值之间的互动平衡，才能从根本上解决娃娃鱼人工繁殖率低的问题，达到大批量繁殖苗种的目的。