1、存在的主要问题
农家乐扎根于农村,也受到农村社会发展现状和农民群众自身素质的限制,存在许多亟待解决的问题。其中比较普遍的问题有以下六个方面：
(1)基础设施简陋，卫生状况不尽如人意
主要表现为无卫生许可证经营，如：厨房设备简陋，厨房内污水随处可见，并偶见老鼠影子;生熟食品和菜肴乱堆乱放，切生、熟食品的菜板不分;厕所及院落存在卫生死角，如简陋的旱厕、潲水缸、猪圈、羊栏等紧邻厨房;农家乐帮厨的人大都是农家乐的经营者或从周围请来的农妇、村姑，不少人没有经过严格的身体检查，无健康证上岗;部分食品进货渠道混乱，个别农家乐采购的粉条、苕皮、豆皮等制作凉菜的主辅料大多是从一些小作坊购进等等，卫生状况令人堪忧。
(2)内容比较单一,旅游层次有待提高
源于我国农耕文化的农家乐具有原生、原创性文化的可贵品质，这是它的生命力所在。当代大众文化作为后工业文化的产物，具有批量复制的消费文化的特点，具有泯灭文化个性等诸多异质文化特点，现在，有些农家乐盲目照搬大众文化的娱乐内容、方式，势必削弱农家乐的生命力，危机农家乐的进一步发展。现在的农家乐大多仅仅将“乐”字放在吃上,有人戏称为“白天吃玉米糁,晚上支摊打麻将。体现农村生产、生活方式等方面的内容尚未被纳入“乐”的内容，因而，旅游产品层次仅仅停留在观光层面，距离参与层面及文蕴层面尚有一定差距。
(3)组织程度不高,管理亟须规范
一方面，农家乐是一种以群体模式出现的旅游形式,只有在统一有序、错位发展的环境中才能取得较大发展。由于农民群众自身的组织程度不高,一些地方形成了单打独干、恶意竞争的不良局面。另一方面，农家乐情况极其特殊，没接待游客时，是农民的住宅，政府执法部门不能管。营业时又是餐馆，客人走了后又变成住宅。此外，一些农家乐还兼营小卖部，但出售的酒水质量也不同程度存在问题。究竟该由哪个部门来监管，目前确实存在监管盲区。
不规范的地方就会出现农家乐之间、农家乐与景区之间的不正当竞争，这类现象在景区的旅游饭店与农家乐之间尤为突出。比如，农家乐经营户私自带客进园。据估计，某景区每年通过购票的游客在10万人次左右，而由村民领入的游客数量每年也有10万人次左右，景区仅门票收入一项，每年损失50万元。这样的估算是相当保守的。而村民们的“农家乐”、烤烤场给园内公办的烧烤场带来的巨大冲击，也造成公园近10万元的损失。而事实上，旅游景区为农家乐的兴起提供了基础和依据，同时农家乐的兴旺又激活了景区的发展。因此，景区与农家乐之间不应是恶性竞争，而是优势互补，双方的产品满足的是不同游客的需求，只有各自都办出了自己的特色，才能消除双方之间的这种恶性竞争，才能正确处理好双方的关系，从而形成灵活有序的市场局面，促进旅游业的协调发展。
(4)环保问题与安全问题日益凸现
位于山清水秀的欠发达地区的“农家乐”由于管理水平落后，服务档次不高，随着接待人数的增多，污水垃圾处理以及消防安全隐患增多;个别农家乐为了揽客，安装了秋千、滑梯、跷跷板等游乐设施，但基本上都存在一些问题，有的部件锈蚀，有的连接部位容易滑脱，有的水泥板产生了裂缝，这些都容易给游玩者造成皮外伤或更大的伤害;由于农家乐特殊的地理位置，大多临河(沟、渠或堰塘)，靠近公铁路，农家乐没有固定的安保人员，又缺乏一些重点部位的提示性标牌，如果带孩子前来游玩的家长只顾自己玩牌或喝茶，孩子缺乏监管很容易发生伤害事故，而如果发生事故，以农家乐的特殊经营地位，双方要解决纠纷将会十分麻烦。此外，一些农家乐里还有拴养的狗、敞放的猫、鸡等动物，稍有不慎，也容易给小孩子带来难以预料的伤害。
(5)特色不够鲜明,品牌意识不强
特色和品牌是吸引游客的关键因素。目前,大多数农家乐经营户还是以被动经营为主,照猫画虎,千篇一律,没有自己的特色，缺乏对于民间、民俗文化和自身发展特征的挖掘,缺少市场开拓意识。农家乐经营者要考虑通过互联网进行宣传促销，此外，农家乐旅游还要加强与周边旅游资源的联同开发，共同树立品牌，以达到互惠互利的双赢效果。
(6)从业人员专业知识欠缺，服务水平有待提高
在实际操作中，当地农民既是管理人员，又是服务人员，处于粗放经营中，形成轻管理、低质量、低收入的恶性循环，严重制约了 “农家乐”休闲旅游业的发展。
2、对策与建议
根据农家乐经营的依赖条件和存在问题,在今后的发展实践中,除了要加强政府引导和提供必要的政策服务帮助以外,重点要围绕“一个中心”,做好“一篇文章”,凸显“两大特色”,努力实现“三化”。围绕一个中心,就是如何吸引游客、留住游客。游客的数量决定着农家乐的成败,抓住游客才能抓住市场。要通过一言一行,积极捕捉游客的心理动态,不断改进服务形式和服务内容。同时,要搞好客源市场分析,扩大对外宣传。做好一篇文章,就是充分做好“乐”的文章。“乐”是“农家乐”吸引游客的核心。发展农家乐必须瞄准城市人的兴奋点,充分挖掘田园乐趣、民俗乐趣以及农村生产、生活乐趣,努力为游客留下深刻印象。“农”中取乐,是“农家乐”的发展方向。凸显两大特色,就是“农家”特色和“文化”特色。农家特色是农家乐得以生存的基础,文化特色是农家乐得以壮大的根基。普通农民的生产、生活以及农村文化,还有各种具有乡土特色的风俗、习惯等,都会引起城市人的极大兴趣,也是农家乐可以包装凸显的特色。努力实现三化:努力实现规范化,就是要通过制订统一的管理标准、管理办法和成立专业协会的办法,使经营者有章可循,让游客透明消费。以前农家乐愿意怎么搞就怎么搞，但随着农家乐的发展，现在的农家乐已经不是低层次的服务。评选星级可以让农家乐的服务更为规范。”但同时，如果评选标准太过严格，极有可能丧失农家乐最为本质的天然风味和独特文化，会带来农家乐的同质化，这是一个亟待解决的问题;逐步走向品牌化,就是要努力形成地区大品牌和多种中小品牌;努力体现多元化,就是要努力形成各具特色、百花齐放的发展局面。具体来说，农户应在下几个方面巧下心思：