在发酵床养猪的实践中，经常可以在发酵床的中层，也就是
俗话说：“外行看热闹，内行看门道”，在养殖户的眼里，微生物就是菌丝，是可以肉眼看得到的，实实在在的；而在微生物内行的眼里，却不完全是这样，或者说：正好相反，并不是发酵床中的菌丝越多越好，菌丝过多反而是不好的现象，是发酵床功能退化的征兆，是过快分解垫料造成需要不断补充垫料增加了成本开支，分解粪便的功能也并非是最好的。
微生物有很多种，简单地说常用的有四大类，即细菌、放线菌、酵母菌、真菌，而真正产生菌丝的只有真菌、放线菌、和少部分的酵母菌（如皮状丝孢酵母、扣囊拟内孢霉酵母、假丝酵母菌等）。但你不能说不长菌丝的细菌和酵母就不是菌体蛋白。
活力99生酵剂中的菌种含较少的放线菌和真菌，所以，用活力99制作的发酵床中长出的菌丝相对稍少，但菌群丰富，营养更容易吸收（发酵床的使用后期会越来越多，也就是说使用时间越长，发酵床中的菌丝慢慢会增多，这是因为长期使用过程中积累的结果，毕竟发酵床是以好氧为主，水份不多的环境，有利于真菌生长）。
尽管前期菌丝不多，但是活力99生酵剂制作的发酵床分解粪便的功能反而更为强大，猪舍的气味更好，产生的菌体蛋白质更多，更好，更有利于猪的消化吸收，这是为什么呢？
因为活力99生酵剂中分解粪便和产生菌体蛋白更多的是靠细菌、酵母菌，及少量放线菌，而细菌只产生菌落，不产生可见的菌丝，酵母菌中则只有如皮状丝孢酵母、扣囊拟内孢霉酵母、假丝酵母菌等产生一点菌丝，同时活力99中的白地霉菌也产生点菌丝，少量的放线菌也产生点菌丝，所以，整体上看活力99发酵床产生的菌丝不多。
但你不能说细菌就不是菌体蛋白，而只有看得见的菌丝才是菌体蛋白啊！恰恰相反，细菌和酵母菌作为蛋白质有更多的优势，往往是这些看不见的细菌和酵母才是菌体蛋白中的姣姣者。
细菌的蛋白质含量是60%以上，酵母菌蛋白质含量在50%以上，而真菌（如霉菌）放线菌的蛋白质含量则在40～50%之间，所以，从蛋白质含量上说：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从细菌壁厚度和质地上看，真菌和放线菌的细胞壁最厚，最难以消化，细菌则最薄，通透性最好，最容易消化，所以，从消化吸收方面看，细菌菌体蛋白质的消化吸收率最好，所以从消化率上看，顺序也是：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从蛋白质的品质上看，细菌的必需氨基酸含量最高，如赖氨酸、蛋氨酸、色氨酸等含量最高，酵母次之，所以，从蛋白质品质上看，顺序仍然是：细菌＞酵母菌＞真菌和放线菌。
从国内外工业化生产菌体蛋白的菌株来看，也是以细菌和酵母菌生产菌体蛋白质的为多，很少有说用霉菌来生产菌体蛋白的。
所以，综上所述，什么微生物菌体蛋白最好，是一目了然的。并非是产可见的菌丝的真菌的菌体蛋白最好。
产生大量菌丝的发酵床并非分解粪便的功能最好。
这是为什么？很简单，这样的发酵床缺少微生物之间的协同合作，如果料层中布满菌丝，则这是一种非常霸道的，排他性的生长方式，基本排除其他微生物的生长（至少在产生密布的菌丝的这一层是这样），所以，这一料层中只有这一种或几种功能相似的产生菌丝的微生物菌体（如放线菌，真菌等），但我们知道分解和同化粪便的微生物，并非是真菌的特长，而同化氨氮、尿酸等粪便中小分子的成分，往往是细菌的特长，当然还有放线菌，说到底，这需要各种微生物之间的分工协作，即形成一个强大的微生态平衡的环境，才能最有效地分解粪便和同化粪便中的成分，产生最多的菌体蛋白，如以细菌为主同化粪便中的小分子营养物质，合成自身菌体蛋白，真菌放线菌等则分解少量大分子物质（分解大分子物质如淀粉、粗纤维、蛋白质才是真菌的特长）产生少量有机营养，供给细菌使用，当然在好氧状态下，也可以同化部分粪便成分，酵母菌的作用处于中间层次，即主要分泌生长因子如特殊维生素、嘌呤嘧啶等等，供给细菌生长所需，促进细菌的繁殖生长，同时酵母菌本身也有较强的同化粪便中的小分子物质的功能。