食用菌含有丰富的蛋白质和氨基酸，其含量是一般蔬菜和水果的几倍到几十倍。 如鲜蘑菇含蛋白质为1.5-3.5%，是大白菜的3倍，萝卜的6倍，苹果的17倍。1公斤干蘑菇所含蛋白质相当于 2公斤瘦肉，3公斤鸡蛋或12公斤牛奶的蛋白量。食用菌中赖氨酸含很丰富， 含有组成蛋白质的18种氨基酸，和人体所必需的8种微量元素。谷物食品中含量少的赖氨酸，食用菌中含量也相当丰富。食用菌脂肪含量很低，约占干品重量的0.2%-3.6%，而其中74-83%是人体健康有益的不饱和脂肪酸。食用菌还含有维生素，食用菌富含的VB1、V12， 都高于肉类，草菇Vc含量为辣椒的1.2～2.8倍，是柚、橙的2～5倍，香菇的17倍。 香菇Vd原含量高达128国际单位，是紫菜的8倍，甘薯的7倍，大豆的21倍。VD原经紫外线照射可转化为VD，促进对钙的吸收。 食用菌还富含多种矿质元素： 磷、钾、钠、钙、铁、锌、镁、锰、等及其他一些微量元素。 银耳含有较多的磷，有助于恢复和提高大脑功能。香菇、木耳含铁量高。香菇的灰分元素中钾占64%，是碱性食物中的高级食品，可中和肉类食品产生的酸。
食用菌不仅味美，而且营养丰富，常被人们称作健康食品，如香菇不仅含有各种人体必需的氨基酸，还具有降低血液中的胆固醇、治疗高血压的作用，近年来还发现香菇、蘑菇、金针菇、猴头中含有增强人体抗癌能力的物质。
中国已知的食用菌有350多种，其中多属担子菌亚门，常见的有：香菇、草菇、蘑菇、木耳、银耳、猴头、竹荪、松口蘑（松茸）、口蘑、红菇和牛肝菌等；少数属于子囊菌亚门，其中有：羊肚菌、马鞍菌、块菌等。上述真菌分别生长在不同的地区、不同的生态环境中。